В 1980 году Сергей Попов окончил МФТИ.
В 1984 году – аспирантуру МФТИ.
.
С 1980 по 1990 г. Сергей Попов участвовал в работе Московского методологического кружка (ММК) под руководством Г.П.Щедровицкого.
С 1987 года Сергей Попов ведет самостоятельную методологическую и педагогическую деятельность.
В настоящее время Сергей Попов является президентом Международной методологической ассоциации (ММАСС).
Сергей Попов − автор более 50 работ в области методологии.